Hajto piłkarską karierę zaczynał w Halniaku Maków Podhalański. Następnie grał w Góralu Żywiec. Kolejne dwa i pół sezonu od 1991 roku grał w Hutniku Kraków. W sezonie 1993/94 przeszedł do Górnika Zabrze. Był zawodnikiem tego klubu przez cztery lata. Kolejną drużyną którą Hajto reprezentował był zespół z Niemiec - MSV 02 Duisburg. Po trzech sezonach stał się piłkarzem Schalke Gelsenkirchen, w dwóch pierwszych sezonach z klubem zdobył Puchar Niemiec. W sezonie 2004/05 występował w barwach 1. FC Nürnberg, nie przedłużył kontraktu z Schalke, gdyż nie miał pewnego miejsca w składzie, a po wplątaniu się w aferę związaną z przemytem papierosów atmosfera wokół niego nie była zbytnio przyjemna. Z Norymbergii odszedł po roku. Powodem był m.in. konflikt z trenerem Wolfgangiem Wolfem. Ostatnio udanie zaprezentował się na testach w angielskim spadkowiczu z Premier League - Southampton F.C. i został przez ten klub pozyskany. Po pół roku nie znalazł jednak uznania w oczach nowego trenera i przeniósł się do Derby County.

Piłkarz był uczestnikiem finałów Mundialu w Korei i Japonii w 2002 roku. Zagrał w meczach z Koreą oraz Portugalią. Po tym turnieju spadła nieco jego reputacja, dlatego że zagrał poniżej oczekiwań.

Tomasz Hajto to jeden z najbardziej doświadczonych i znanych grających obecnie polskich piłkarzy. Należy do Klubu Wybitnego Reprezentanta Polski, bowiem rozegrał już wymagane 60 meczów w reprezentacji. Dokładnie zagrał ich 62, strzelając 6 goli.