Tomasz Frankowski zadebiutował w pierwszej lidze 29 sierpnia 1992 roku w spotkaniu Jagiellonii Białystok z Ruchem Chorzów. Nie mógł się jednak przebić do pierwszej drużyny, mimo to jego talent został dostrzeżony przez trenerów francuskiego RC Strasbourg, gdzie piłkarz występował w latach 1993-1995. Początki we Francji były niezłe, Frankowski zdobył nawet kilka bramek, ale jego karierę przerwała groźna kontuzja. W 1996 roku przeszedł do prowadzonego wówczas przez Arsène'a Wengera, japońskiego klubu Nagoya Grampus Eight, lecz pół roku później powrócił do Francji. Przeniósł się najpierw do trzecioligowego CEP Poitiers, by później znaleźć się w FC Martigues. W 1998 roku, popularny "Franek" powrócił do Polski do Wisły Kraków. Już w pierwszym sezonie gry w ekstraklasie, zdobył koronę Króla Strzelców oraz został wybrany Piłkarzem Sezonu, w dużej mierze przyczyniając się do zdobycia przez Wisłę Mistrzostwa Polski. Wszystko to zaowocowało powołaniem do reprezentacji, prowadzonej wówczas przez Janusza Wójcika, na mecz rozegrany 28 kwietnia 1999 roku z Czechami.

Kolejne sukcesy Frankowskiego to zdobycie z Wisłą czterech tytułów Mistrza Polski (sezony 2000/2001, 2002/2003, 2003/2004, 2004/2005) oraz dwie korony Króla Strzelców polskiej Ekstraklasy (sezon 2000/2001 i 2004/2005). Na pierwszoligowych boiskach rozegrał dotychaczas 181 spotkań, w których strzelił 115 bramek (stan na 16 sierpnia 2005 roku). Jako reprezentant Polski wystąpił w 17 spotkaniach zdobywając 10 goli. Był jednym z głównych bohaterów naszej reprezentacji, która wywalczyła awans na Mistrzostwa Świata w Niemczech. W mundialowych eliminacjach zdobył 7 goli.

Pod koniec sierpnia 2005 roku przeszedł do drugoligowego hiszpańskiego klubu Elche CF, gdzie szybko stał się gwiazdą i w sumie w 14 meczach strzelił 8 goli.

25 stycznia 2006 roku przeszedł z Elche do zespołu Wolverhampton Wanderers, występującego w angielskiej The Championship (odpowiednik polskiej drugiej ligi). W barwach Wilków popularny Franek nie zdołał strzelić ani jednego gola. Obecnie występuje w hiszpańskim CD Tenerife.