Mimo iż niepodległość Jugosławii ogłoszono 28 kwietnia 1992 roku, to z powodu międzynarodowych sankcji nałożonych na ten kraj z powodu wojen bałkańskich reprezentacja pierwszy mecz zagrała dopiero w grudniu 1994 roku. Do 1996 roku rozgrywała wyłącznie spotkania towarzyskie, gdyż z eliminacji do Mundialu 1994 i Euro 1996 została wykluczona.

Zadebiutowała w kwalifikacjach do mistrzostw świata 1998. Drużyna prowadzona przez Slobodana Santraca z Predragiem Mijatovicem, Miroslavem Djukicem, Sinišą Mihajlovicem i Darko Kovačevicem w składzie wprawdzie została wyprzedzona w grupie przez Hiszpanię, ale pokonała m.in. ówczesnych wicemistrzów Starego Kontynentu Czechów. Jugosłowianie grali ofensywnie i efektownie, i właśnie wtedy doczekali się przezwiska Brazylijczycy Europy. W barażach nie dali szans Węgrom (7:1 i 5:0).

Na Mundialu zaprezentowali się bardzo przyzwoicie. W 1/8 finału po wyrównanym meczu i w dość pechowych okolicznościach (Mijatović nie strzelił karnego) przegrali 1:2 z Holandią.

Dwa lata później, na Euro 2000, reprezentacja dowodzona tym razem przez 70-letniego Vujadina Boškova również odpadła w drugiej rundzie, a ich pogromcami (przegrali 1:6) tak jak w 1998 roku byli Holendrzy. Na pocieszenie Jugosłowianom pozostała korona strzelców turnieju dla Savo Miloševica.

Od czasu zakończenia mistrzostw Europy rozpoczął się kryzys drużyny narodowej, pogłębiany częstymi zmianami selekjonerów. Rezygnacja z gry w kadrze najlepszych piłkarzy i wysoki stopień korupcji w związku piłkarskim to największe bolączki futbolu jugosłowiańskiego na progu XXI wieku. W eliminacjach do Mundialu 2002 reprezentacja dała się wyprzedzić Rosji i Słowenii, a w kwalifikacjach do Euro 2004, w których po raz pierwszy wystąpiła pod nazwą Serbii i Czarnogóry - Włochom i Walijczykom.

Wydaje się, że powoli drużyna zaczyna wychodzić z zapaści. Od połowy 2003 roku nowym selekcjonerem jest Ilija Petković. Zmieniły się również władze związku, nowym prezesem został były reprezentant Jugosławii Dragan Stojković. Trener Petković postawił na piłkarzy nieogranych na międzynarodowych boiskach i zrezygnował z usług większości gwiazd. Efektem jego polityki kadrowej był udany występ w eliminacjach do mistrzostw świata 2006 i awans do tego turnieju z pierwszego miejsca (Serbowie wyprzedzili m.in. Hiszpanię i Belgię). Największą siłą drużyny jest obecnie defensywa. Bramkarz Dragoslav Jevrić i obrońcy Goran Gavrancić, Ivica Dragutinović, Mladen Krstajić, Nemanja Vidić (który dzięki dobrym występom w kadrze został kupiony przez Manchester United) oraz Marjan Marković grali na tyle skutecznie, że reprezentacja straciła w kwalifikacjach tylko jedną bramkę. Petković umiejętnie zmieścił w kadrze doświadczonych piłkarzy (takich jak 33-letni Predrag Djordjević i 32-letni Savo Milošević) i piłkarską młodzież z Mateją Kežmanem, czy 20-letnim Simonem Vukcevicem na czele.