Reprezentacja Słowenii pierwszy oficjalny mecz rozegrała w 1991 roku. Przez następną dekadę drużyna zaliczana była do europejskich słabeuszy. Po za tym w samej Słowenii piłka nożna nie cieszyła się dużą popularnością, o wiele większe zainteresowanie wzbudzały koszykówka i piłka ręczna. W latach 1995-97 w eliminacjach do mistrzostw świata 1998 oraz mistrzostw Europy 1996 Słoweńcy rozegrali łącznie osiemnaście meczów - wygrali trzy (z czego wszystkie w eliminacjach do Euro), zremisowali również trzy i przegrali dwanaście.

Wszystko zmieniło się, kiedy selekcjonerem w 1998 roku został 35-letni Srečko Katanec. Za jego kadencji reprezentacja zagrała najpierw w Euro 2000, a dwa lata później w Mundialu. W obu przypadkach Słoweńcy awansowali po barażach - w 1999 roku wygrali z Ukrainą, a w 2001 - z Rumunią. Znacznie lepiej zaprezentowali się na mistrzostwach Europy (dwa remisy i minimalna przegrana z Hiszpanią; na światowym czempionacie - trzy porażki), chociaż udział w obu turniejach zakończyli na fazie grupowej.

Po odejściu Katanca (po konflikcie z największą gwiazdą reprezentacji Zahovičem) reprezentacja znów popadła w przeciętność, przegrywając z kretesem eliminacje do Euro 2004 i Mundialu 2006.